Zu Beginn einer Studie formulieren Forschende eine Forschungsfrage und Hypothesen und entwerfen das Studiendesign. Dabei legen sie den Umfang der Studie, die geplanten Methoden und Analysen sowie andere relevante Aspekte fest. Die Präregistrierung sollte vor Beginn der Datenerhebung erfolgen. Bei bereits vorhandenen Daten (Sekundärdaten) sollte sie vor dem Zugriff auf die Daten beziehungsweise vor der Analyse erfolgen. So ist dokumentiert und für andere nachvollziehbar, dass die Forschungspläne festgelegt wurden, bevor die Ergebnisse bekannt waren. Aspekte, die erst später feststehen, können auch noch während der laufenden Studie nachträglich registriert werden. Diese Ergänzungen sollten als solche kenntlich gemacht werden.

Eine Präregistrierung kann entweder als private „lokale Präregistrierung“ oder auf einer Plattform erfolgen. Die Registrierung auf einer Plattform ist zu bevorzugen, weil der Zeitpunkt der Registrierung dort nachprüfbar festgehalten wird und spätere Änderungen dokumentiert werden. Geeignete Plattformen sind beispielsweise AsPredicted, das Open Science Framework (OSF) oder die AEA RCT Registry für randomisierte kontrollierte Studien. Diese Plattformen bieten vorgefertigte Templates, die durch den Prozess führen und helfen, keine relevanten Punkte zu übersehen. Eine Präregistrierung muss nicht lang sein. Je konkreter sie ist, desto besser lässt sich jedoch nachvollziehen, welche Analysen von vornherein geplant (konfirmatorisch) waren und welche erst später hinzukamen (explorativ). Das OSF stellt vorgefertigte Dokumente bereit. Bei AsPredicted werden neun Fragen zum geplanten Forschungsdesign und den Analysen beantwortet. Die AEA RCT Registry erfordert mehrere strukturierte Pflichtfelder zum Studiendesign und den geplanten Analysen.

Ob und wann eine Präregistrierung öffentlich sichtbar wird, hängt von der Plattform und den gewählten Einstellungen ab. Viele Plattformen erlauben es, die Registrierung zunächst unter Verschluss zu halten (Embargo) und erst später freizugeben, etwa bei Einreichung oder Veröffentlichung der Ergebnisse. Entscheidend ist, dass der Registrierungszeitpunkt dokumentiert ist. Ist die Präregistrierung öffentlich, können andere Forschende oder die interessierte Öffentlichkeit sie einsehen und kommentieren. Zudem kann ein DOI vergeben werden, der die Präregistrierung dauerhaft zitierbar und auffindbar macht.

Die Forschenden sollen die Studie dann gemäß dem registrierten Plan durchführen. Die Präregistrierung selbst verhindert weder nachträgliche Änderungen noch eine selektive Veröffentlichung von Ergebnissen. Sie macht aber sichtbar und überprüfbar, ob und wo vom Plan abgewichen wurde. Sobald eine Registrierung öffentlich ist, wird zudem sichtbar, dass eine Studie geplant war, auch wenn ihre Ergebnisse nie veröffentlicht werden. Abweichungen sind nicht grundsätzlich problematisch, sollten aber in der Publikation offengelegt und begründet werden (siehe Änderungsmöglichkeiten nach einer Präregistrierung). Sobald die Ergebnisse vorliegen, können sie mit dem registrierten Plan abgeglichen, überprüft oder repliziert werden.