Zu Beginn einer Studie formulieren Forschende eine Forschungsfrage und Hypothesen und entwerfen das Studiendesign. Dabei legen sie den Umfang der Studie, die geplanten Methoden und Analysen sowie andere relevante Aspekte fest. Die Präregistrierung sollte vor Beginn der Datenerhebung erfolgen. So wird sichergestellt, dass die Forschungspläne unabhängig von den späteren Ergebnissen festgelegt wurden. Aspekte, die erst später verfügbar sind, können jedoch auch noch während der laufenden Studie nachträglich registriert werden.

Eine Präregistrierung kann entweder als private „lokale Präregistrierung" oder als öffentliche Präregistrierung auf einer Plattform erfolgen. Letzteres ist aus Transparenzgründen zu bevorzugen. Geeignete Plattformen sind beispielsweise AsPredicted, das Open Science Framework (OSF) oder die AEA RCT Registry für randomisierte kontrollierte Studien. Diese Plattformen bieten vorgefertigte Templates, die durch den Prozess führen und sicherstellen, dass alle relevanten Fragen beantwortet werden. Eine Präregistrierung muss nicht lang sein – jedes zusätzliche Detail hilft jedoch zu belegen, dass eine konfirmatorische Forschungsstrategie verfolgt wurde. Das OSF stellt vorgefertigte Dokumente bereit; bei AsPredicted werden neun Fragen zum geplanten Forschungsdesign und den Analysen beantwortet; die AEA RCT Registry erfordert mehrere strukturierte Pflichtfelder zum Studiendesign und den geplanten Analysen.

Nach der Präregistrierung ist das Studiendesign öffentlich zugänglich. Andere Forschende oder die interessierte Öffentlichkeit können es einsehen, kommentieren oder darauf reagieren. Zudem kann ein DOI vergeben werden, der die Präregistrierung dauerhaft zitierbar und auffindbar macht. Die Forschenden führen die Studie dann gemäß dem registrierten Plan durch. Das verhindert nachträgliche Änderungen oder eine selektive Publikation der Ergebnisse. Sobald die Ergebnisse vorliegen, können sie anhand des Studienplans überprüft oder repliziert werden.